Le SIBO est un terme anglais qui signifie Small Intestinal Bacterial Overgrowth. En français, on peut le traduire par surprolifération bactérienne de l’intestin grêle. Il s’agit d’un déséquilibre du microbiote intestinal que l’on appelle plus couramment dysbiose. Notre tube digestif, qui va de la bouche à l’anus, est naturellement peuplé de micro-organismes : des bactéries, des virus, des champignons, etc. On appelle cela le microbiote intestinal.

Chez une personne saine, on trouve, au niveau de l’intestin grêle, une petite quantité de bactéries, qui sont des bactéries aérobies, tandis qu’au niveau du côlon, on trouve une grande quantité de bactéries (10¹⁴ !), et ces dernières sont essentiellement des bactéries anaérobies, ce qui signifie qu’elles vivent sans présence d’oxygène.

Le SIBO apparaît quand certaines espèces de bactéries/archées pullulent au niveau de l’iléon, la dernière partie de l’intestin grêle. Le problème est alors double. D’une part, ces micro-organismes se multiplient en trop grand nombre. D’autre part, ces micro-organismes n’ont pas leur place dans l’intestin grêle. En effet, l’iléon est censé être un lieu assez peu peuplé en bactéries. Dans le cadre du SIBO, il se retrouve très riche en bactéries. Il ne remplit alors plus sa fonction d’assimilation, car la muqueuse est tapissée de bactéries. Rappelons que la dernière partie de l’intestin grêle, l’iléon, sert à absorber les nutriments.

Le SIBO est une pathologie reconnue par l’OMS (l’Organisation Mondiale de la Santé) en 2023.

Les différents types de SIBO

SIBO à hydrogène (H₂)

• Bactéries responsables : Escherichia coli, Citrobacter, Clostridium, Klebsiella
• Symptômes : diarrhée ou alternance diarrhée/constipation
• Mécanisme : les bactéries fermentent les fibres et produisent des molécules osmotiques, entraînant une augmentation de l’eau dans l’intestin = selles molles

SIBO à sulfure d’hydrogène (H₂S)

• Bactéries impliquées : Desulfovibrio spp., Bilophila wadsworthia, Fusobacterium spp. et certaines souches de E. coli
• Symptômes : diarrhée, douleurs abdominales, gaz odorants, intolérance aux aliments riches en soufre (ail, oignon, œuf), fatigue, brouillard mental
• Pas de technologie en France permettant de le détecter (machine TRIOSMART, utilisée en Australie et aux USA)
• Cela dit, si flatline lors du test respiratoire –> suspicion de SIBO H2S.
• Certains thérapeutes utilisent une analyse métagénomique ciblée (ARN16S) pour identifier la composition bactérienne. Limite : ce test reflète la présence de bactéries dans le côlon, et non dans l’intestin grêle.
• Particularité : H2S : molécule physiologique à faible dose, mais en excès il peut devenir cytotoxique, inflammatoire et perturber la respiration cellulaire mitochondriale (par l’inhibition de l’enzyme cytochrome c oxydase, un élément vital de la chaîne respiratoire cellulaire), ce qui explique des symptômes généraux. Brouillard mental, difficulté de concentration, céphalées, étourdissement, fatigue, baisse d’endurance, douleurs articulaires, urticaire, eczéma, flush

IMO / SIBO méthanogène (CH₄)

• Tendance constipation, transit ralenti
• Archées responsables : Methanobrevibacter smithii
• Symptômes : constipation, ballonnements, parfois anxiété ou dépression

Auparavant appelé le SIBO-C, C pour constipation. Ceci étant, en 2020, il change de dénomination pour IMO, car deux paramètres distinguent l’IMO d’un SIBO. Le premier concerne la prolifération de bactéries. Dans le cadre d’un IMO, elle peut s’étendre dans tout le tube digestif, et pas uniquement au niveau de l’intestin grêle. Les deux lettres de Small Intestinal dans le sigle SIBO n’étaient donc plus de circonstances. Ensuite, la deuxième différence concerne la prolifération de micro-organismes. Dans un SIBO, il s’agit de bactéries, dans le cadre d’un IMO il s’agit d’archées. Ainsi, il a donc été renommé Intestinal Methanogen Overgrowth, sans le terme « bactéries » donc, ni « small ». Ces archées produisent du méthane. Le méthane est un gaz qui ralentit le transit dans son ensemble. Ainsi, les personnes qui souffrent d’IMO sont généralement des personnes constipées. Dans le cas d’un IMO, le méthane a tendance à donner un terrain propice à de la gastroparésie et également une tendance à la déprime.

Quels sont les symptômes du SIBO ?

• Ballonnements : distension abdominale en fin de journée, aggravée après les repas
• Gaz excessifs et éructations
• Troubles du transit : diarrhée, constipation ou alternance
• Inconfort digestif : douleurs, reflux, sensation de satiété rapide
• Carences : vitamine B12 basse, folates (B9) élevés, vitamines liposolubles (A, D, E, K), fer bas
• Symptômes systémiques : fatigue chronique, eczéma, acné, troubles cognitifs
• Zoom B12 / B9 : la B12 peut chuter si les bactéries consomment la vitamine, tandis que B9 peut être produite en excès par certaines bactéries (exemple : E. coli).
• Intolérance aux fibres : sensation que les symptômes empirent quand la personne mange « healthy » avec donc plus de fibres riches en FODMAPs, comme les choux, les légumineuses, l’ail, l’oignon.
• La prise de probiotiques peut aggrave les symptômes (pas toujours cependant)

Attention, l’ensemble de ces symptômes peuvent être également ceux d’une personne qui souffre d’une prolifération de candida albicans ou autres levures/champignons au sein du grêle. Ainsi, avant d’engager des traitements contre le SIBO, il faut vous assurer qu’il s’agisse bien de ce trouble dont vous êtes atteints, avec une personne du corps médical.

Diagnostiquer le SIBO

En France, le diagnostic du SIBO passe par le test respiratoire au glucose ou au lactulose. Il se nomme également le test respiratoire de pullulation bactérienne de l’intestin grêle. Ce test permet de diagnostiquer uniquement 2 types de SIBO : CH4 et H2.

Quel est le principe de ce test ?

Ce test repose sur le principe que les bactéries ou archées présentes en surnombre peuvent produire des gaz. Or, la paroi de l’intestin grêle absorbe ces gaz, qui vont alors se retrouver dans la circulation sanguine pour être finalement expulsés par nos alvéoles pulmonaires, via le souffle. C’est ainsi que la quantité de gaz expiré par la bouche pourra être mesuré par un appareil.

Déroulement du test

Juste avant la mesure des gaz présents dans le souffle, un sucre va être administré dans de l’eau. Il s’agit d’un sachet de glucose (75gr) ou de lactulose (10Gr), qu’il faudra boire, à jeun. Puis la personne souffle dans certains tubes toutes les 15-20 minutes pendant 2 à 3heures.

• SIBO H₂ : ↑ ≥ 20 ppm H₂ dans les 90 premières minutes (voire 120 minutes)
• IMO : ≥ 10 ppm CH₄ à n’importe quel moment
• Flatline : suspicion H₂S si symptômes digestifs très évocateurs
💡 Préparation cruciale pour éviter faux positifs ou négatifs.

Les causes du SIBO

1️⃣ – Post infectieux

Le Complexe Moteur Migrant (CMM), qui assure le nettoyage naturel de l’intestin grêle, peut être altéré après une intoxication alimentaire.

Lorsqu’une personne est exposée à des bactéries comme Clostridium ou Salmonella, lors d’une intoxication alimentaire, le système immunitaire tente de les éliminer. Ces bactéries produisent alors une toxine appelée CdtB (Cytolethal Distending Toxin B).

Le problème : la CdtB a une structure moléculaire très proche de la vinculine, une protéine essentielle à la motilité gastro-intestinale.

Le système immunitaire attaque les bactéries et leur toxine…
Mais parfois, il attaque par erreur la vinculine, croyant cibler la toxine.

Résultat : le CMM est altéré, le nettoyage naturel de l’intestin grêle est perturbé, et les bactéries peuvent stagner et proliférer, favorisant le SIBO.

💡 Cette explication illustre pourquoi certaines personnes développent un SIBO post-infectieux, même après que l’infection initiale soit disparue.

2️⃣- Médicamenteux

Certains médicaments peuvent favoriser le SIBO en modifiant le microbiote ou en ralentissant le transit :

• Antibiotiques répétés = déséquilibre bactérien du microbiote
• IPP (inhibiteurs de pompe à protons) = hypochlorhydrie, moins d’acidité pour contrôler les bactéries
• Anticholinergiques / anciens antihistaminiques = ralentissement du transit

3️⃣ – Hormonal et métabolique

Hypothyroïdie

L’hypothyroïdie a de nombreuses conséquences qui favorisent le SIBO. Elle ralentit les contractions de l’intestin et diminue l’acidité gastrique. Cette baisse d’acidité impacte la libération de la bile et des enzymes pancréatiques, ce qui ralentit le transit intestinal. Plus le bol alimentaire stagne dans l’intestin, plus les bactéries ont le temps de proliférer et de fermenter les aliments, créant un terrain favorable au SIBO.

Les conséquences du SIBO sur la thyroïde renforcent ce cercle vicieux :

• Malabsorption des nutriments essentiels : fer, zinc, vitamine B12… indispensables pour une bonne santé thyroïdienne
• Augmentation des endotoxines = activation des cytokines inflammatoires (IL-1, IL-6, IL-10, TNF-α) = inflammation chronique qui perturbe la conversion de T4 en T3 et bloque les récepteurs hormonaux.
En résumé, une thyroïde lente favorise le SIBO, qui lui-même peut aggraver l’hypothyroïdie.
• Points de suivi biologique : TSH, T3, T4, ferritine, iode urinaire, sélénium, zinc, vitamine A, vitamine D… à interpréter toujours avec un professionnel de santé.

Sources : PMID 4056127 & PMID 17698907 (PubMed)

Hypochlorhydrie

La production insuffisante d’acide chlorhydrique peut aussi favoriser un SIBO :

• Dégradation des protéines : l’acide active la pepsine, essentielle pour digérer les protéines
• Absorption des minéraux : fer, zinc, iode, vitamine B12, tous essentiels à la digestion et à la santé thyroïdienne
• Stérilisation du bol alimentaire : moins d’acidité = bactéries alimentaires non éliminées = prolifération possible
• Stimulation hormonale : l’acidité déclenche la production de CCK et de sécrétine

Sécrétine = stimule la production de bile et la sécrétion de sucs pancréatiques riches en bicarbonates pour neutraliser l’acide
CCK = stimule la libération de bile et la sécrétion de sucs pancréatiques

Si l’acidité gastrique est insuffisante, toute la chaîne digestive est perturbée, créant un terrain favorable au SIBO.

Les pistes pour améliorer un SIBO

Pour véritablement atteindre une rémission du SIBO, il convient d’agir sur la cause qui est responsable de ce dernier.

#1 Mastiquer

Avant toutes choses, il faut respecter le fait que tous aliments doivent être correctement insalivés et mastiqués de manière intensive! Il faut que l’aliment prenne une forme liquide dans la bouche. Si ce conseil n’est pas respecté, les autres ne serviront à rien.

Je pense que la mastication est un facteur vraiment sous-estimé aujourd’hui. Quand une personne est atteinte de troubles digestifs, elle glisse souvent sur ce conseil et préfère sauter directement sur les conseils concernant quels antibiotiques / quels probiotiques pour son cas.

Pourquoi la mastication est-elle une si précieuse aide en cas de troubles digestifs ?

1 – La salive contient une enzyme de digestion des glucides, l’amylase salivaire. En mastiquant bien, on mélange la nourriture à la salive et on prédigère les sources glucidiques. Or, ce sont souvent eux qui posent problème dans le cadre d’un SIBO, pas les protéines.

2 – Le broyage alimentaire induit par la mastication favorise le mélange de la nourriture et des enzymes digestives. En effet, cela lance un signal à tout l’appareil digestif du bas (intestin, pancréas, etc.) comme quoi de la nourriture va parvenir dans le tube digestif.

3 – La mastication permet une activation du nerf trijumeau qui envoie des signaux de satiété en agissant directement sur les hormones de la faim (ghréline, cholécystokinine).

#2 Essayer l’alimentation pauvre en FODMAPs

Pendant 4 à 8 semaines, vous pouvez essayer une alimentation pauvre en FODMAPs, pour diminuer les ballonnements et réduire la flore en excès. Pour en savoir plus sur les aliments qui contiennent des FODMAPs et de quoi il s’agit, rendez-vous sur mon article en cliquant ici (-clic!).

L’alimentation pauvre en FODMAPs a été développé par Sue Sheperd, une nutritionniste australienne atteinte de la maladie cœliaque. Cette nutritionniste a identifié plusieurs types de sucres présents dans certains aliments qui sont susceptibles de fermenter en arrivant dans le côlon (le gros intestin), car ils n’ont pas été bien décomposés dans l’intestin grêle.

Ces molécules sucres, elle les a appelés les FODMAPs, ce qui signifie « Fermentable Oligosaccharides, Disaccharides, Monosaccharides And Polyols », c’est-à-dire Fermentable (ce sont des sucres qui peuvent être fermentés par les bactéries), O pour oligossacharides (fructanes, galacto-oligosaccharides), d pour disaccharides (lactose), m pour monosaccharides (fructose), and (et, pour faire la liaison), p pour polyols (mannitol, sorbitol).

L’alimentation pauvre en FODMAPS réduit l’apport de sucres qui sont susceptibles de créer des fermentations dans l’intestin.

Un régime pauvre en FODMAPs se déroule souvent en 3 phases.

La première se mène sur 4 à 8 semaines. Seuls les aliments pauvres en fodmaps sont autorisés durant cette première étape. Cela permet l’apaisement immédiat -généralement- des troubles digestifs. Ensuite, dans un second temps les individus réintègrent une par une les catégories de fodmaps pour identifier laquelle ou lesquelles posent véritablement problème. Enfin, la troisième phase consiste à remanger de façon variée. La personne a identifié quels sont les fodmaps les plus difficiles à dégrader pour elle. Elle évite seulement ceux-là.

Il faut bien garder à l’esprit que le sans FODMAPS n’est qu’une béquille temporaire. Il vient rarement permettre l’implantation d’une nouvelle flore solide et de qualité. Au contraire, du fait de la quantité très limitée d’aliments qu’il permet, il induit souvent des problèmes de diversité du microbiote. En effet, nos bonnes bactéries intestinales se développent grâce à la richesse en fibres dans notre alimentation et à la diversité des légumes que l’on consomme. Dans l’alimentation pauvre en FODMAPs il y a une raréfaction des deux, donc il est primordial de coupler cette approche avec une action intelligente et ciblée sur le microbiote de l’individu pour avoir de bons résultats.



#3 Les médicaments

Si la personne a passé un test respiratoire et que le diagnostic d’un SIBO ou IMO a été posé par le médecin ou gastro-entérologue, alors la solution médicamenteuse sera toujours proposée si le médecin a des connaissances autour du SIBO. Il s’agira d’un traitement antibiotique.

Voici les 3 plus connus :

• Rifaximine, prescrit pour le SIBO hydrogène
• Rifaximine + Bismuth, prescrit pour le sulfure d’hydrogène
• Métronidazole, prescrit pour le SIBO ou l’IMO

Le métronidazole reste l’antibiotique le plus connu et le plus prescrit en cas de SIBO, ainsi que la rifaximine. Tous deux comportent des effets indésirables, plus ou moins puissants, comme la surdité pour la rifaximine, si pris à hautes doses.

Heureusement, il existe aujourd’hui des alternatives naturelles, aussi puissantes que les antibiotiques pour travailler sur le SIBO.

#4 Le flux biliaire

Le flux biliaire possède des propriétés fongicides et bactéricides, cruciales pour limiter la prolifération de micro-organismes dans le grêle :

• Plantes cholagogues/cholérétiques : artichaut, chardon-marie (pas si SIBO H₂S) bien titré en cynarine et silymarine
• Stimulation digestive : aliments amers pour stimuler la bile (chicorée, endives, etc.)
• Fibres solubles (surtout si IMO) : psyllium, flocons d’avoine.
• La supplémentation du molybdène peut soutenir l’activité de la sulfate oxydase et aider à détoxifier le sulfure d’hydrogène (supplémentation encadrée par un pro de santé obligatoirement)

#5 Améliorer le CMM

Le CMM assure une vague de nettoyage entre les repas. Sa dysfonction, comme dans la plupart des SIBO, entraîne stagnation et prolifération bactérienne/fongique.

Stratégies naturelles pour stimuler le CMM :

• Iberogast® : synergie de plantes favorisant la motricité digestive (prescription nécessaire)
• Motiligast® : son alter ego formulé par le laboratoire NutriLogics.
• Gingembre : stimule le péristaltisme et la vidange gastrique (gingembre fermenté, plus riche en shogaols et gingérols, laboratoire Sunday Natural)
• Probiotiques spécifiques : Lactobacillus rhamnosus KCTC 12202BP, Bifidobacterium lactis KCTC 11904BP
• Jeûne intermittent : favorise la vidange gastrique et relance du CMM (adapter selon sexe et état hormonal)
• Triphala (Amalaki, Bibhitaki, Haritaki) : tonifie les contractions intestinales
• Aliments riches en choline : soutiennent l’acétylcholine = régulation du CMM (œufs, foie, soja, quinoa)


#6 Gérer son stress

Ce point aurait pu être le premier. Étant donné la double communication entre intestin-cerveau, il ne peut y avoir de ventre heureux sans état d’esprit relaxé. Pour cela, à chacun de trouver ce qui lui convient le mieux : yoga, massage, sport, hiit,  méditation, cohérence cardiaque, etc.

Évidemment les désordres intestinaux sont d’ordre physique, mais le psychique impacte beaucoup cette sphère également. Pour cela, on peut penser éventuellement à suivre une thérapie avec un thérapeute (psychologue, EMDR, RITMO, EFT, IFS).

Pour dénouer le plexus solaire, on peut faire appel également au Chi Nei Tsang, un massage du ventre très puissant.



#7 Les compléments alimentaires

Parallèlement, il y a certains compléments alimentaires ou certaines plantes qui ont été formulés et qui sont autant efficaces que les antibiothérapies non naturelles pour éradiquer les bactéries ou les archées en surnombre.

Voici les compléments alimentaires et plantes les plus étudiés pour traiter le SIBO ou l’iMO

– la berbérine

– le neem

– l’origan

– l’atrantil

– l’allicine

Selon le type de SIBO, il faudra associer différentes plantes différemment ces plantes. Toutes ont certains effets secondaires, ainsi ne vous lancez pas seul dans l’aventure de la prise si vous souffrez de SIBO. Faites-vous accompagner !



# 8 Des enzymes systémiques pour casser les biofilms

Les biofilms protègent les bactéries et favorisent les récidives de SIBO. Les rompre permet aux traitements antimicrobiens d’être plus efficaces.

Substances naturelles couramment utilisées :

• Serrapeptase : enzyme protéolytique, cure courte, surveiller tolérance digestive
• NAC (N-acétylcystéine) : dégrade le mucus bactérien et le biofilm (éviter en SIBO H₂S)
• Nattokinase : enzyme fibrinolytique adjuvante

#9 Le bain dérivatif
Si le SIBO est de type IMO, la personne présente alors de la constipation.

Le bain dérivatif est une panacée pour débloquer la constipation. Méthode créée par Louis Kuhn puis développée par France Guillain, elle consiste à mettre une poche de gel au congélateur, et de s’asseoir dessus pendant 30 minutes tous les jours, tous les matins plus précisément.

Très très efficace en cas de constipation, en plus des multiples autres bienfaits que le bain dérivatif procure.


#10 Des probiotiques oui mais pas tous!

• SIBO H₂S

Lactobacillus plantarum (Lp-8) : 10 milliards/j >>> Réduction des Desulfovibrio, augmentation des bifidobactéries et des IgA.

• SIBO H₂ / diarrhée post-antibiotiques

Saccharomyces boulardii (levure, pas bactérie) : très bien tolérée, n’augmente pas l’hydrogène. Inhibe certaines bactéries pathogènes, réduit l’inflammation, soutient la barrière intestinale.

• IMO

Lactobacillus reuteri DSM 17938 : diminution des archées, amélioration de la constipation.

Conclusion

Nous venons d’aborder quelques échantillons de l’accompagnement du SIBO. En pratique, la résolution d’un SIBO ne repose jamais sur un seul levier. Elle implique une compréhension fine et systémique de la physiologie digestive :
• le niveau d’acidité gastrique
• l’intégrité de la réponse immunitaire locale (notamment via les IgA)
• la qualité de la motricité intestinale, elle-même influencée par l’équilibre électrolytique (calcium / potassium)
• mais aussi la fonction thyroïdienne, l’efficacité enzymatique et l’état de la barrière intestinale.

Ces paramètres, souvent sous-estimés, jouent pourtant un rôle déterminant. Une hypochlorhydrie peut à elle seule favoriser la prolifération bactérienne. Un déficit enzymatique peut entretenir des phénomènes de fermentation. Une barrière intestinale altérée ou une immunité muqueuse affaiblie peuvent rendre toute stratégie incomplète, voire inefficace sur le long terme.

C’est précisément cette complexité qui explique pourquoi certaines approches échouent, ou ne donnent que des résultats transitoires.

Comprendre le SIBO, c’est accepter qu’il ne s’agit pas uniquement d’un déséquilibre bactérien, mais d’un écosystème à réharmoniser dans son ensemble.

C’est pour cette raison que j’ai conçu une masterclass complète de 3 heures, dans laquelle je vous guide pas à pas à travers :

• les mécanismes physiologiques approfondis du SIBO
• les erreurs les plus fréquentes qui freinent la guérison
• et surtout, une stratégie structurée, cohérente et individualisable

L’objectif : vous donner une vision claire, rigoureuse et applicable, pour sortir des approches fragmentées et enfin avancer de manière efficace.

Si vous souhaitez aller plus loin, comprendre en profondeur et construire une approche réellement adaptée à votre situation, vous pouvez accéder à la masterclass en replay ici :

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